Predicting gene expression from sequenceCell 2004 Apr 16;117(2):185-98何ともまぁごっついタイトル．遺伝子の上流にあるモチーフ(≒ transcription factor binding site/sequence)のパターンから，遺伝子発現を予測しようという野心的な試み．まず，発現…

Regulation of gene expression by a metabolic enzymeScience. 2004 Oct 15;306(5695):482-4.S.cervisiae での話ではあるけれど，Arg5,6というタンパクはアルギニンの合成に関わる酵素なんだけれども，特定の DNA 配列に結合することが分かり，直接発現調節…

A comprehensive transcript index of the human genome generated using microarrays and computational approachesGenome Biol. 2004;5(10):R73. Epub 2004 Sep 23相変わらず Rosetta はいい仕事をしますね．predicted transcripts 全てを tiling array, …

Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein-protein interaction networkNature. 2004 Jul 1;430(6995):88-93タンパク・遺伝子間相互作用ネットワークはスケールフリーと呼ばれる性質を強く持ち，hub と呼ばれるいろんな相手と相…

A module map showing conditional activity of expression modules in cancerNat Genet. 2004 Oct;36(10):1090-8.以前に読んだ Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Jun 22;101(25):9309-14. と同じ様な話だな．コホートも測定プロトコルもちがうデータを集めて…

TRMP: a database of therapeutically relevant multiple pathwaysBioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2236-41結構面白いデータベースだと感じた．PathArt みたいな感じかな? 正直，こっちのほうが使いやすいかもしれない……．でも，FLASH ってのは嬉しくな…

A Toxicogenomic Approach to Drug-Induced Phospholipidosis: Analysis of Its Induction Mechanism and Establishment of a Novel in Vitro Screening System.Toxicol Sci. 2004 Sep 1シンプルかつ重要な仕事と思われた．やっていることは薬の副作用(毒性)…

Single cell profiling of potentiated phospho-protein networks in cancer cellsCell 2004 Jul 23;118(2):217-28Cancer cells と書いてるけど調べてるのは白血病だけ．STAT 1/3/5/6, p38, Erk1/2 のリン酸化状態が刺激(FL, GM-CSF, G-CSF, IL-3, IFNγ) に…

One nucleotide in a kappaB site can determine cofactor specificity for NF-kappaB dimersCell. 2004 Aug 20;118(4):453-64NF-κB はユルユルで，色んな配列に結合することが知られている．でもユルユルにも関わらず個々のオーソロググループでは NF-κB 結…

Predicting drug sensitivity and resistance; Profiling ABC transporter genes in cancer cellsCancer Cell. 2004 Aug;6(2):129-37癌種 specific に発現する薬剤排出トランスポータは何か? とか薬剤 specific に発現亢進するトランスポータは何かなどを調…

Alternative mapping of probes to genes for Affymetrix chipsBMC Bioinformatics. 2004 Aug 14;5(1):111NetAfx でついているアノテーションって言うか，probe ⇔ gene の対応関係ゲロゲロ，ウチでちゃんとしたの作ったよってお話．でも，イマイチどう作った…

Gefitinib-sensitizing EGFR mutations in lung cancer activate anti-apoptotic pathScience. 2004 Aug 20;305(5687):1163-7. Epub 2004 Jul 29.なんか，今朝は(この論文の話ではないけど)新聞・TV ネタになっていた Iressa(Gefitinib)のお話．要は Iressa …

Hit-to-lead studies: the discovery of potent, orally active, thiophenecarboxamide IKK-2 inhibitors.Bioorg Med Chem Lett. 2004 Jun 7;14(11):2817-22 読んで字のごとく HTS であたってきた化合物からリードまでどのように開発してきたかというケース…

A first-draft human protein-interaction mapGenome Biology 2004, 5:R63Yeast, C.elegans, Drosophila の protein-interaction map からオーソログを伝ってヒトの (putative) protein-interaction map を作りましたというお話．網羅性が高い(特に Yeast) …

Graph-based iterative Group Analysis enhances microarray interpretationBMC Bioinformatics. 2004 Jul 23;5(1):100(microarray で釣ってきたような)遺伝子群をアノテーションベースでグラフっぽくクラスタリングしてみたというお話．つまり，A,B,C とい…

Coexpression analysis of human genes across many microarray data setsGenome Res 2004 Jun;14(6):1085-94複数のデータソースから何か意味をひねり出そうというお話．具体的には複数のデータソースで発現パターンが相関している遺伝子は何らかの意味があ…

Genome-wide discovery of loci influencing chemotherapy cytotoxicityProc Natl Acad Sci U S A. 2004 Aug 10;101(32):11809-14薬剤感受性(毒性)に相関するゲノム上の位置を(ゲノムワイドに)探し出しましたってお話．対象としているのは 5-FU と docetaxel…

Statistical modeling for selecting housekeeper genesGenome Biol. 2004;5(8):R59.RT-PCR なんかでコントロールとして使う遺伝子に求められる性質は，モリモリ発現していて変動が少ないってこと．それを指標にして housekeeping gene として良いのはなんだ…

Mixture models for assessing differential expression in complex tissues using microarray dataBioinformatics. 2004 Jul 22;20(11):1663-9Normal v.s. tumor の比較を(microarray で)行おうとするとき，LCM(laser capture microdissection) なんかを使…

Overriding imatinib resistance with a novel ABL kinase inhibitorScience. 2004 Jul 16;305(5682):399-401要はグリベックが効かない SNP を持つ患者にも効くのを見つけたよって言うお話．現在 Phase I の様ですね．BMS-354825 はグリベック耐性のある変異…

Clustering of DNA Sequences in Human PromotersGenome Res. 2004 Jul 15有料モノが多い転写因子モノの中で publicly available なソースを使って解析をしてみましたというお話．DNA 8mer(48=65536通り)の中で TSS からの位置(dbtss を利用)によって有意に…

Exploration of Essential Gene Functions via Titratable Promoter AllelesCell. 2004 Jul 9;118(1):31-44Functional discovery via a compendium of expression profiles(Cell. 2000 Jul 7;102(1):109-26) の続編みたいな感じですね．研究グループも同じだ…

Twist, a master regulator of morphogenesis, plays an essential role in tumor metastasisCell. 2004 Jun 25;117(7):927-39Drosophilla ではembrionic morphogenesis に関わっていると知られているTWISTが，癌の転移に関わっているという話．彼らはPrimar…

Chemical screening by mass spectrometry to identify inhibitors of anthrax lethal factorNat Biotechnol. 2004 Jun;22(6):717-23Mass を使ってプロテアーゼ阻害剤を探す一次スクリーニングを行いましたというお話．切られてしまうペプチドを固相化して，…

Self-assembling protein microarraysScience 2004 Jul 2;305(5680):86-90プロテイン発現チップのことかと思ったら Y2H みたいに相互作用(bind)するタンパクを見つけるチップだった．近くにくると転写がスタートするっていう Y2H の仕掛けとは異なり，cell f…

Alterations in the dynamics of circulating ghrelin, adiponectin, and leptin in human obesityProc Natl Acad Sci U S A. 2004 Jul 1普通とデブで レプチン/アディポネクチン/グレリン の日内変動に差が有るのかってことを検証した実験．なんと7分毎に 2…

Computational design of a biologically active enzymeScience 2004 Jun 25;304(5679):1967-71de novo design とは言えなさそうな，でも確かに computationally design で活性あるタンパクを創っている．著者らが行ったことは，酵素活性の知られていない ba…

Phospho.ELM: A database of experimentally verified phosphorylation sites in eukaryotic proteinsBMC Bioinformatics 2004, 5:79タイトルのまんま。パラパラと使ってみたところ、いい感じ。某所でもちょっと話したけど、データベースって如何にメンテナ…

INdb: a database of nuclear protein complexes from human and yeastBioinformatics. 2004 Jun 12;20(9):1413-1415.タイトル見ておぉ? って思ったんだけど……．売りは multi-protein complex に対応しているところらしい．しかしながら Currently, the huma…

Analysis of variance components in gene expression dataBioinformatics, Vol.20 no.9 2004 pp 1436-1446最近使われなくなりつつある c-DNA アレイでの実験誤差に関する話．調べているのは，サンプル(動物)間での差・アレイ間での差・アレイ内(Print Tipの…