Twist, a master regulator of morphogenesis, plays an essential role in tumor metastasisCell. 2004 Jun 25;117(7):927-39 を読もうとしたのだが HTML版全文は読めるけど，PDF がダウンロードできない．ついでに Figure とかも見えない．どうしたのかな?…

Computational design of a biologically active enzymeScience 2004 Jun 25;304(5679):1967-71de novo design とは言えなさそうな，でも確かに computationally design で活性あるタンパクを創っている．著者らが行ったことは，酵素活性の知られていない ba…

Large-scale meta-analysis of cancer microarray data identifies common transcriptional profiles of neoplastic transformation and progressionProc Natl Acad Sci U S A. 2004 Jun 22;101(25):9309-14世の中に転がっているアレイデータ(>3700 ハイブリ…

Phospho.ELM: A database of experimentally verified phosphorylation sites in eukaryotic proteinsBMC Bioinformatics 2004, 5:79タイトルのまんま。パラパラと使ってみたところ、いい感じ。某所でもちょっと話したけど、データベースって如何にメンテナ…

rawData eset logEset group scores a b m c(median(x[1:5]), median(x[6:10]), median(x[11:15]), median(x[16:20]), m, a$Pr[1], b$p.value) })scores colnames(scores) value", "bartlett.p")tNames 300 & scores[,7]>=0.05,6]))tmpLL myLL xx for(x in n…

id:a4inu:20040614 より発見．アスパラガスを食べるとしっこが臭うのはなんで?(日本語訳)ってページがある．メチルメルカプタン(強烈に臭そうな名前だ．メチル化されてれば弱まるのかな?) たった22％の人がアスパラ臭いおしっこをする (just 22 percent of s…

INdb: a database of nuclear protein complexes from human and yeastBioinformatics. 2004 Jun 12;20(9):1413-1415.タイトル見ておぉ? って思ったんだけど……．売りは multi-protein complex に対応しているところらしい．しかしながら Currently, the huma…

Analysis of variance components in gene expression dataBioinformatics, Vol.20 no.9 2004 pp 1436-1446最近使われなくなりつつある c-DNA アレイでの実験誤差に関する話．調べているのは，サンプル(動物)間での差・アレイ間での差・アレイ内(Print Tipの…

Neurotoxic effects of postnatal thimerosal are mouse strain dependentMol Psychiatry 2004 Jun 85月26日に書いていたことの関連情報．前回とは逆に自己免疫 sensitive マウスにチロメサールを放り込むと reduced locomotion; exaggerated response to no…

火の鳥太陽編……随分と毒が抜かれちゃっていたな．

Noise Minimization in Eukaryotic Gene ExpressionPLoS Biol 2004 Apr 27;2(6):E137著者の推測と事実が織り交ざっていて読みにくかったものの結果は面白いものだと思った．同じタンパク量を発現させるのには transcription rate を上げる方法と translation…

The godatabase.org website AmiGO instantiation was hacked late Monday night. だって

Computational identification of transcription factor binding sites by functional analysis of sets of genes sharing overrepresented upstream motifsBMC Bioinformatics 2004 May 11;5(1):57イマイチかな? 「GO term を共有する遺伝子の上流に共通す…

Reduced expression of the let-7 microRNAs in human lung cancers in association with shortened postoperative survivalCancer Res 2004 Jun 1;64(11):3753-6肺がん組織では microRNA として有名な(僕はコレしか知らない) let-7 の発現が少ない．これを…

GSK3 inhibitors: development and therapeutic potentialNat Rev Drug Discov. 2004 Jun;3(6):479-87糖尿病・アルツハイマー病のターゲットとして興味がもたれている GSK3(とその阻害剤)に関するレビュー．GSK3 はglycogen synthase を inactivate すると言…

年寄りすぎるからダメ．回りを誘ってプロジェクトをぶち上げるのが良いと言われてしまった．残念

ウェットもやるぞ計画起動……．成功するかな?

Mapping complex disease loci in whole-genome association studiesNature 2004 May 27;429(6990):446-52家系解析と SNP 解析を比較しながら落とし穴などを紹介していた．SNP の勉強になるかな?

Functional proteomic screens reveal an essential extracellular role for hsp90alpha in cancer cell invasivenessNat Cell Biol. 2004 May 16癌の浸潤に関わるタンパクを同定しようという話だった．とても興味深い．要となるテクニックは FALI (fluoroph…