A gene-coexpression network for global discovery of conserved genetic modulesScience 2003 Oct 10;302(5643):249-5去年のだ :-)．複数の種(H.sap, D.mel, C.ele, S.cer) で共通に(mRNA)発現量が相関しているペアには何か意味があるのでは? って言うのを…

今号のサイエンスは面白い記事が一杯あるな．Full Text は読めるのに PDF 版が無いのがあるのは何故だろう?

Transcriptional regulatory code of a eukaryotic genomeNature 2004 Sep 2;431(7004):99-104比較ゲとChIP と既知のものを組み合わせて (functional?) DNA binding site を見つけ出したってストーリーなのかな? 203 の regulator 全てをチェックして，65 個…

Predicting gene expression from sequenceCell 2004 Apr 16;117(2):185-98何ともまぁごっついタイトル．遺伝子の上流にあるモチーフ(≒ transcription factor binding site/sequence)のパターンから，遺伝子発現を予測しようという野心的な試み．まず，発現…

とある機関での「バイオインフォマティクス勉強会」なるところで， バイオインフォマティクスに関しては求職と求人のミスマッチが起きている。 企業が求めるのは必ずしも大学のバイオインフォコース（それ自体があまりないが） 修了者ではない。という話があ…

Regulation of gene expression by a metabolic enzymeScience. 2004 Oct 15;306(5695):482-4.S.cervisiae での話ではあるけれど，Arg5,6というタンパクはアルギニンの合成に関わる酵素なんだけれども，特定の DNA 配列に結合することが分かり，直接発現調節…

A comprehensive transcript index of the human genome generated using microarrays and computational approachesGenome Biol. 2004;5(10):R73. Epub 2004 Sep 23相変わらず Rosetta はいい仕事をしますね．predicted transcripts 全てを tiling array, …

Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein-protein interaction networkNature. 2004 Jul 1;430(6995):88-93タンパク・遺伝子間相互作用ネットワークはスケールフリーと呼ばれる性質を強く持ち，hub と呼ばれるいろんな相手と相…

Tools for loading Medline into a local relational databaseBMC Bioinformatics. 2004 Oct 7;5(1):146NLM から配布されているデータ(XML) をパースしてDB に放り込んでくれるツールの紹介．欲しいなと思っていたので助かるな．でも，NLM から配布されてい…

R 2.0.0の新機能・変更 base パッケージと stats パッケージにかつてあったすべてのデータセットは 新パッケージ datasets に移された。data() は適切な置き換えを、警告付きでおこなう。 しかし、datasets パッケージにあるデータオブジェクトは可視的であ…

A module map showing conditional activity of expression modules in cancerNat Genet. 2004 Oct;36(10):1090-8.以前に読んだ Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Jun 22;101(25):9309-14. と同じ様な話だな．コホートも測定プロトコルもちがうデータを集めて…

ArrayTrack なるものを発見．FDA 謹製 toxicogenomics 解析ツール兼DB のようだ．要チェックだな．コンタクトすれば local install 版も使えるようだ． Oracle (サーバ) + Java (クライアント) 構成．

The Comprehensive R Archive Networkを覗いていたら R-2.0 が公開されてる! 今月末には bioconductor 1.5 がリリースされる予定だし．そういえば，bioconductor の目的のひとつに解析の reproducibility が挙げられていた(Genome Biology 2004, 5:R80)けど…

TRMP: a database of therapeutically relevant multiple pathwaysBioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2236-41結構面白いデータベースだと感じた．PathArt みたいな感じかな? 正直，こっちのほうが使いやすいかもしれない……．でも，FLASH ってのは嬉しくな…

A Toxicogenomic Approach to Drug-Induced Phospholipidosis: Analysis of Its Induction Mechanism and Establishment of a Novel in Vitro Screening System.Toxicol Sci. 2004 Sep 1シンプルかつ重要な仕事と思われた．やっていることは薬の副作用(毒性)…

僕がもっとも深く involve している S社のランチョンセミナーだけが不人気だった。当然かな? それはともかく、20個の実験データを 13個のパラメータでフィッティングするってのはやりすぎ(パラメータ大杉)じゃないかな?