サルベージ強化期間中

Predicting gene expression from sequence
Cell 2004 Apr 16;117(2):185-98
何ともまぁごっついタイトル．遺伝子の上流にあるモチーフ(≒ transcription factor binding site/sequence)のパターンから，遺伝子発現を予測しようという野心的な試み．まず，発現パターンを49パターンにクラスタリングした後に各パターンで enrich されてる配列を gibbs sampling (AlignACE) で抽出した．その後でその配列が-800bp 以内にあるか否かや順序などを確率変数にして発現を bayes 推定している．著者らは Bayesian network で推定したと書いているけど，単純な (モデル選択付き) bayes 推定にしか読めなかった．結果が余りにもドンピシャなんで逆に怪しすぎる．ま，このくらいバッチリでないと cell には載らんのだろうなぁ． :-)