Discovering modes of action for therapeutic compounds using a genome-wide screen of yeast heterozygotes.Cell 2004 Jan 9;116(1):121-371月15日の日記と同じ系統の論文．こっちは，Rosetta & Merck が出している．先の Nature のやつが synthetic leth…

Dedifferentiation of lineage-committed cells by a small molecule.J Am Chem Soc. 2004 Jan 21; 126(2): 410-1. 煎じ詰めると 50000化合物をスクリーニングして，C2C12 myoblast を逆分化(dediffrentiation)させる化合物を見つけたっていう論文．C2C12 っ…

http://www.blueprint.org/bind/bind.php データが更新されましたね。この間の c.elegans interactome データが追加されたっぽい。

KozoOnline のパスワードがきた． 構kozo造"は文献データをマイニングし、遺伝子・化合物・疾患の関連性情報をもったデータベースです。 http://www.w-fusion.co.jp/kozo.html より

Of mice and men and rate...Nature Review Drug Discovery Vol 3 page15まぁ，良くあることではあるけど，ヒト・マウス・ラット間でタンパク機能・発現部位に差があるよってこと．元ネタは Differences in the central nervous system distribution and pha…

今日の仕事は辛い……

Shared relationship analysis: ranking set cohesion and commonalities within a lieterature-derived relationship networkBIOINFORMATICS Vol20, No.2, 191-198MEDLINE やら GO やらを泳いで，集合間の重なりが多いかどうかをチェックしたって論文．具体…

COMMERCIAL ENTITIES MAY NOT USE THIS SITE WITHOUT PRIOR LICENSING AUTHORIZATION. PLEASE SEND AN E-MAIL FOR FURTHER INFORMATION ABOUT LICENSING. なのだそうで……．

PharmGKB: the pharmacogenetics & pharmacogenomics knowledge baseThe Pharmacogenomics Journal Vol.4 No.1 2004 データベースの紹介 1ページだけ:-). でも PharmGKB ってのは知らなかったので，チェック．こういうのが欲しかった．他に，comparative tox…

/.-jp が落ちてますね．せっかくの昼の楽しみだったのに

論文出しても良いよとの話が年頭にもあったので，Text mining 系ですでに結果が出ている奴を上に諮ってみよう．2月頭の面談で切り出そう．

bioconductor はボチボチやっていきます．会社にばれなければ公開しちゃいます. アンテナの方は……，見つけ出せれば公開しますけど……．itshi.tv さんの方でも探しているみたいですね．今のところ，pubcrawler でやっています． # でも，pubcrawler って設定が…

GAPSCORE: finding gene and protein names one word at a timeBIOINFORMATICS Vol.20 no.2 216-225Text マイニング物．いろいろなパラメータを放り込んでるけど，煎じ詰めると 語幹の曖昧マッチ 前後の単語による gene/protein らしさ評価 語幹がどれくらい…

Alternative Splicing Database 一覧の作成 bioconductor 利用法の日本語バージョン作成(ぉ アンテナソフトの検索。in house で動かせる Hatena 風のはないかなぁ

itoshi.tv さんのところ。RでExcelみたいなスプレッドシートをひろげる

A conformational switch in the Picoolo C2A domain regulated by alternative splicingNature Structual & Molecular biology Vol 11, No. 1, 2004 9アミノ酸分の Alternative Splicing で, Ca2+ への感受性が変わる理由を構造解析から明らかにした。 High…

Large-scale analysis of the human and mouse transcriptomesPNAS April2, 2002, vol 99, no.7, 4465-4470いまさら遅いとは思うけど、Better late than never の精神で読んで見た。手法的には目新しいところは何もないけど、Human (and mouse) gene express…

In silico dissection of cell-type-associated patterns of gene expression in prostate cancerPNAS 2004 101: 621-626Microarray にかますサンプルは細胞の混じりものだから、単純に fold-change を見ると細胞の組成比を見るだけになるかもしれない。だか…

Jubilant はいろんな会社と提携している模様． Accelrys をチェックすべし．http://www.jubilantbiosys.com/

TopNet: a tool for comparing biological sub-networks, correlating protein properties with topological statistics.Nucleic Acids Research, 2004, Vol. 32, No. 1 328-337http://nar.oupjournals.org/cgi/content/abstract/32/1/328クラスタと(Node&Ed…

上記に関して chemical compound と biology を結ぶ free なデータベースを御存じの方はツッコミを入れてくれると幸せです。

Integration of chemical-genetic and genetic interaction data links bioactive compounds to cellular target pathways.Nat Biotechnol. 2004 Jan;22(1):62-9.Synthetic lethal と Tunicamycin とか FK506 とかの化合物のプロファイルを見るって論文。gen…

Regulation of Bone Mass in Mice by the Lipoxygenase Gene Alox15 Science Jan 9 2004: 229-23212/15 Lipoxygenase(Alox15)が骨量を減少させると綺麗に示した。 PPAR系糖尿病薬との関連に興味が出ますね。Finding functional sequence elements by multipl…

PNAS http://www.pnas.org/content/vol101/issue2/ Bioinformatics http://bioinformatics.oupjournals.org/content/vol20/issue1/ Supplement Data が増えただけだった 出たので要チェック

A call を受けたプローブの発現量をどうこうして意味があるのかなぁ?

blog@tsukuba さんkwgさんより．実録！新薬誕生ドラマ“男たちの挑戦” なる番組をやっていたらしい．知らなかった．その時間は借りてきたペーパームーン を観ていた．再放送しないかなぁ?

自宅なのでまだ読んでない．感想は来週以降． Role of intrinsic DNA binding specificity in defining target genes of the mammalian transcription factor PDX1 Arthur Liberzon, Gabriela Ridner, and Michael D. Walker Nucl. Acids. Res. 2004 32: 54-…

http://medical.tanabe.co.jp/public/science/index_science.shtml なんてページを発見．うちの会社では無理だろうね(涙)

自宅なのでまだ読んでない．感想は来週以降． Regulation of Bone Mass in Mice by the Lipoxygenase Gene Alox15 Robert F. Klein, John Allard, Zafrira Avnur, Tania Nikolcheva, David Rotstein, Amy S. Carlos, Marie Shea, Ruth V. Waters, John K. Be…

Archive Search. これは便利だ :-)。なぜ今までなかったんだろう? http://www.liondb.org/biocond