http://expressionflow.com/2016/10/09/installing-tensorflow-on-an-aws-ec2-p2-gpu-instance/
conda build -c r --prefix-length 80 r-cgdsr
Win32OLEを使って Accord で処理するのが一番シックリくる結果になった．Win32OLE 使いやすい．色々と使いでのあるモジュールだと感じた．Unix 系では使えないのがイマイチだけど……．ChemRuby も良さげなので時間がとれたら試してみよう．今は時間が取れない…
懲りずに CDK を迷走中．こんな SMILES を読めなかった NC(Cc1c[nH]c2cc[se]c12)C(O)=Oどうやら，[se]の部分を読むときに aromatic Seとは扱わずに，(aromatic)硫黄の S と解釈し次の e を読んで，そんな原子知らんと言うようだ．とりあえず Accord を使うの…
Drug Bank なるサイトを発見．曰The DrugBank database is a unique bioinformatics and cheminformatics resource that combines detailed drug (i.e. chemical, pharmacological and pharmaceutical) data with comprehensive drug target (i.e. sequence,…
CDK も微妙に電荷の扱い(MDLWriter)に問題があった．Molfile (V2000)の仕様では "M CHG" 行以外にも AtomBlock に電荷データを書くようになっているのだけど，CDK 提供の MDLWriter ではそこにデータを書かないようだ．SDF を読むツールによっては表示やデー…
CDKを利用して Molfileの読み込み(書き込み)ではまった．Molfile では化学構造を保ったままグループ化表記することが出来る(-O-CH3 と描かずに -OMe と描ける．-O-CH3 という情報は消えない)が,以下のようなプログラムを通すと，OMe という原子を Molfile に…
PerlMolでハマッた．どうやら "M CHG" 行が無いと電荷の認識をしないようだ．プログラムのしやすさという意味では perlmol が良いのだが，全体的な機能という意味ではThe Chemistry Development Kit (CDK)の方が良い感じ．でも機能が多すぎて全体を見渡せな…
Bioconductor 1.6 がひっそりとリリースされてた．
Early Detection Research Network Completes Re-competition for Labs and Centers
Herceptin® Combined With Chemotherapy Improves Disease–Free Survival for Patients With Early–Stage Breast Cancer UCLA Researchers Discover New Method to Generate Human Bone
Standardized Microarrays May Bring Us One Step Closer to Personalized Medical Treatment
[memo] 日化辞 Web [misc] HGM2005 出席．のぞみに乗る金は会社からでるのかな?
Hardware-accelerated protein identification for mass spectrometryRapid Commun Mass Spectrom. 2005;19(6):833-7.FPGA で組んだ Mass 用 高速配列検索マシンの話．1秒以内にヒトゲノムから検索できるらしい．FPGA に関して詳しいことは良く分からないけ…
Assessment of chemical libraries for their druggabilityComput Biol Chem. 2005 Feb;29(1):55-67何が新しいんだかイマイチよく分からなかった．Rule of Five やら reactive residues を持たないなどの条件を満たす化合物を調査しましたって話．調査項目は…
A family of phosphodiesterase inhibitors discovered by cocrystallography and scaffold-based drug designNat Biotechnol. 2005 Feb;23(2):201-7. conventional HTS と fragment based design の中間を狙った戦略で上手くいきましたという話．Convention…
A small molecule-kinase interaction map for clinical kinase inhibitorsNat Biotechnol. 2005 Feb 13競合溶出を利用した high-throughput(?) な kinase-binding assay を開発したという内容かな? 119 の kinases に対して 20の化合物(imatinib や gefitin…
Database of mRNA gene expression profiles of multiple human organsGenome Res. 2005 Mar;15(3):443-50cDNA アレイベースでヒト normal sample の transcriptomic database を作りましたという話．Gene Atlas などと同じ系統．Caucasian, African Amrican…
Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populationsScience. 2005 Feb 18;307(5712):1072-9Perlegen にしか(予算的に)出来ない研究ですね．ヨーロッパ系・アフリカ系・アジア系アメリカ人総数 71人に対して 160K の SNP をタイピン…
Signal in noise: evaluating reported reproducibility of serum proteomic tests for ovarian cancerJ Natl Cancer Inst. 2005 Feb 16;97(4):307-9要するに 2002年 の Lancet に載った卵巣がん早期発見を血清マーカで出来るよってのがいいかげんだって言う…
三共と第一製薬が統合へ １０月めどはへ? 休みの日に発表するし……
毎日ちびっと飲むグループは痩せていて，たま〜にドバっと呑むグループはデブらしい．
Cancer pharmacogenomics: powerful tools in cancer chemotherapy and drug developmentOncologist. 2005;10(2):104-11I相系・II相系の代謝，Transporter, non P450 I相系の代謝, Drug Target ごとの SNP と薬効・毒性に関して手際よくまとめられたレビュー…
全ての奇数が素数である証明(専門別)
Interlaboratory Comparability Study of Cancer Gene Expression Analysis Using Oligonucleotide MicroarraysClin Cancer Res. 2005 Jan 15;11(2):565-572.NCI の中の人たちによる GeneChip の測定が測定機関毎で安定した結果を返すのかというのを検証した…
NCI Releases Software Tool for Sharing Microarray Dataってのを発見． The open-source, open-access software tool, caArray version 1.0, developed by the NCI Center for Bioinformatics (NCICB), can be used to create public repositories of micr…
CAMBIAなるサイトを発見．なんでも， AMBIA has been creating new tools and technologies to foster innovation and a spirit of collaboration in the biological sciences. Our institutional ethos is built around an awareness of the need and oppor…
あ，pubmed の外見が変わってますね :-)
Correlating gene expression with chemical scaffolds of cytotoxic agents: ellipticines as substrates and inhibitors of MDR1.Pharmacogenomics J. 2005 Jan 25結構面白かった．化合物 7466個の NCI-60s に対する GI50(Growth Inhibition) と microarra…
有力医学誌12誌が論文掲載の前提に臨床試験の公的サイトへの開始前登録を要求 これが日本にも波及すると良いですね．追記Clinical Trial Registration: A Statement from the International Committee of Medical Journal Editors が元ネタかな?
