Functional genomics to new drug targetsNat Rev Drug Discov. 2004 Nov;3(11):965-72.Novartis での取り組みを書いたレビュー．かっちょえぇなぁ．最近流行りの zebrafish モノの話が出ていて参考になった

ncorporating protein flexibility in structure-based drug discovery: using HIV-1 protease as a test caseJ Am Chem Soc. 2004 Oct 20;126(41):13276-81タンパクがゆらゆらしていることも考えて cavity を上手に埋める方法の提案．consensus cavity を見…

厚労省の Toxicogenomics プロジェクトのシステムを受注した某企業．インストールプログラムに不備はあるわ，ドキュメントがぐちゃぐちゃだわでウガーってな感じ．言い訳も，「自分らは解析がメインで，システム部分(DB 部分)は(子会社に)外注してるんで，ウ…

Biologically valid linear factor models of gene expressionBioinformatics 2004 Nov 22;20(17):3021-3033発現パターンを線形分解して，どんな確率分布が妥当かってのを検討したって話．単なる PCA(ガウス分布) はマズーってことのよう．一様分布 or ラプ…

bioconductor for Windows 版 R へYEAST Metadata を放り込むのにはまった．何のエラーも無くインストールできたんだけど， library(YEAST) Loading required package: YEAST Error in namespaceExport(ns, exports) : undefined exports: YEASTENZYME, YEAS…

PathArt, KeyMolnet, Ingenuity, MetaCore/MetaDrug．はてさて，どれが良いものか……それとも買わんでも良いものか……

Pharmacogenetics Research Network and Knowledge Base Fourth Scientific Meeting.Pharmacogenomics J. 2004;4(6):359-361PGRN って組織があったのに気づいていなかった．反省．PharmGKB を運営しているところみたい．もうちと，調べてみよう

Creation of genome-wide protein expression libraries using random activation of gene expressionNat Biotechnol 2001 May;19(5):440-5某所でで使われているネタ．強制発現プロモータみたいのをランダムにゲノムにぶち込んでクローンを作ってみましょう…

Accentuation of differentially expressed proteins using phage technologyAnal Biochem. 2004 Oct 15;333(2):351-7タイトルの通り phage display を使ってタンパク発現に差が有るものをよりはっきり見せるようにしましょうって話．lysate from tumor samp…

Evaluation of gene expression measurements from commercial microarray platformsNucleic Acids Res. 2003 Oct 1;31(19):5676-84ちょっと前のサイエンスでも触れられていた去年の論文．要は Affymetrix, Amersham (一色), agilent(二色)の異なる platform…

SpeedScreen: The "missing link" between genomics and lead discoveryJ Biomol Screen 2004 Sep;9(6):498-505Mass でスクリーニングってネタ．要は crude なサンプルから標的タンパクに「くっつく」化合物をスクリーニングしましょうってお話．サンプル自…

Label-free assays on the BIND systemJ Biomol Screen 2004 Sep;9(6):481-90BIND ってBiomolecular Interaction Network Database のことではなく，Biomolecular INteraction Detection system ってこと．細かい仕掛けはよく分からない (光学結晶とか wood'…

VEGF165b, an Inhibitory Vascular Endothelial Growth Factor Splice Variant: Mechanism of Action, In vivo Effect On Angiogenesis and Endogenous Protein ExpressionCancer Res 2004 Nov 1;64(21):7822-7835VEGF の splicing variant の一つが，血管新…

Systems biology and new technologies enable predictive and preventative medicineScience. 2004 Oct 22;306(5696):640-3微量測定技術とコンセプトの紹介だな．personalized medicine とかを考える上で今後重要になる考え方のはず．今研究されている biom…

1.5 出た♥ R-2.0 仕様なのが何とも……

A gene expression signature for oxidant stress/reactive metabolites in rat liverBiochem Pharmacol 2004 Dec 1;68(11):2249-61地味だけど堅実で大事な研究．薬剤を投与したときの(肝臓での)発現変化を追っていくつかのクラスに分類したってお話．見よう…

Bioconductor ver. 1.5 がリリースされるはずなのだが……