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Graph-based iterative Group Analysis enhances microarray interpretation
BMC Bioinformatics. 2004 Jul 23;5(1):100
(microarray で釣ってきたような)遺伝子群をアノテーションベースでグラフっぽくクラスタリングしてみたというお話．つまり，A,B,C という遺伝子で A,B は GO:nnnnnnn を共通に持ち，B,C は GO:mmmmmmm を共通に持つ場合，A-(GO:nnnnnnn)-B-(GO:mmmmmmm)-C のような表現をするというもの．これを，(妖し/怪しげだけど)統計的に有意なところまでグラフを拡張して行くと言った趣だった．実際には GO と KEGG を使っており，分かったような分からんような絵が描けている．

最近，身の回り(including me) に降っている話だと GO では漠としすぎていて，見たい結果に直には繋がらない気がすることが多いです．例えば，○×細胞の△◆機能に関わる遺伝子探索とか○×病のマーカとして使われる※☆の責任遺伝子探索を意図した場合，GO では茫漠としすぎているんだよね．GO は重要なんだけど……ってことが多い気がする今日この頃です．