Hardware-accelerated protein identification for mass spectrometryRapid Commun Mass Spectrom. 2005;19(6):833-7.FPGA で組んだ Mass 用 高速配列検索マシンの話．1秒以内にヒトゲノムから検索できるらしい．FPGA に関して詳しいことは良く分からないけ…

Assessment of chemical libraries for their druggabilityComput Biol Chem. 2005 Feb;29(1):55-67何が新しいんだかイマイチよく分からなかった．Rule of Five やら reactive residues を持たないなどの条件を満たす化合物を調査しましたって話．調査項目は…

A family of phosphodiesterase inhibitors discovered by cocrystallography and scaffold-based drug designNat Biotechnol. 2005 Feb;23(2):201-7. conventional HTS と fragment based design の中間を狙った戦略で上手くいきましたという話．Convention…

A small molecule-kinase interaction map for clinical kinase inhibitorsNat Biotechnol. 2005 Feb 13競合溶出を利用した high-throughput(?) な kinase-binding assay を開発したという内容かな? 119 の kinases に対して 20の化合物(imatinib や gefitin…

Database of mRNA gene expression profiles of multiple human organsGenome Res. 2005 Mar;15(3):443-50cDNA アレイベースでヒト normal sample の transcriptomic database を作りましたという話．Gene Atlas などと同じ系統．Caucasian, African Amrican…

Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populationsScience. 2005 Feb 18;307(5712):1072-9Perlegen にしか(予算的に)出来ない研究ですね．ヨーロッパ系・アフリカ系・アジア系アメリカ人総数 71人に対して 160K の SNP をタイピン…

Signal in noise: evaluating reported reproducibility of serum proteomic tests for ovarian cancerJ Natl Cancer Inst. 2005 Feb 16;97(4):307-9要するに 2002年 の Lancet に載った卵巣がん早期発見を血清マーカで出来るよってのがいいかげんだって言う…

Interlaboratory Comparability Study of Cancer Gene Expression Analysis Using Oligonucleotide MicroarraysClin Cancer Res. 2005 Jan 15;11(2):565-572.NCI の中の人たちによる GeneChip の測定が測定機関毎で安定した結果を返すのかというのを検証した…

Correlating gene expression with chemical scaffolds of cytotoxic agents: ellipticines as substrates and inhibitors of MDR1.Pharmacogenomics J. 2005 Jan 25結構面白かった．化合物 7466個の NCI-60s に対する GI50(Growth Inhibition) と microarra…

Biological spectra analysis: Linking biological activity profiles to molecular structureProc Natl Acad Sci U S A. 2005 Jan 11;102(2):261-6論文というか，BioPrintの宣伝っぽい感じの内容．dose を固定(10μM)して 92の Druggable Proteins (半分近く…

Outcome signature genes in breast cancer: is there a unique set?Bioinformatics 2005 Jan 15;21(2):171-8いろんなグループが○△マーカを見つけましたってコトをやっていて，Gene Expression 業界もやっぱりマーカ話をやっている．ところが，Gene Expressi…

How many samples are needed to build a classifier: a general sequential approach.Bioinformatics 2005 Jan 1;21(1):63-70癌種鑑別などを目的とした(Gene Expression を使った)解析にはサンプルがどのくらい必要なのかを，測定を進めながら判断しようと…

Global Identification of Human Transcribed Sequences with Genome Tiling ArraysScience. 2004 Dec 24;306(5705):2242-2246Affymetrix では無いところから出た，ヒト全ゲノムタイリングアレイな話．maskless photolithographic DNA synthesis technology …

Integration with the human genome of peptide sequences obtained by high-throughput mass spectrometryGenome Biology 2004, 6:R9坊氏も目を留めた一報．Mass で同定した全てのペプチドをゲノム上にマップしたぞって話．EST じゃなくて EPT って感じかな…

Effects of pooling mRNA in microarray class comparisonsBioinformatics 2004 Dec 12;20(18):3318-25(コストカットのために)サンプルをプールして測定すべきか，プールしないで測定すべきかを検討した話．要は，検出力を保ちながらアレイの数を減らす為に…

Time-related differences in the physical property profiles of oral drugsJ Med Chem. 2004 Dec 2;47(25):6338-48Something never change (Nature Reviews Drug Discovery 4, (2005); doi:10.1038/nrd1614)に出ていた興味深い記事の元ネタ．最近数十年に…

Noise filtering and nonparametric analysis of microarray data underscores discriminating markers of oral, prostate, lung, ovarian and breast cancerBMC Bioinformatics. 2004 Nov 29;5(1):185(シグナル値依存的な)ノイズの大きさを見積もって fold-…

A probabilistic functional network of yeast genesScience 2004 Nov 26;306(5701):1555-8何故サイエンスに載るのか良く理解できなかった X-(．様々なデータソースとパスウェイデータベースを(Bayes like に)つき合わせて信頼度の高いネットワークを作りま…

Prediction of survival in follicular lymphoma based on molecular features of tumor-infiltrating immune cellsN Engl J Med 2004 Nov 18;351(21):2159-69.濾胞性リンパ腫の生存(年数)を予測するマーカを遺伝子プロファイルより得てみたらビックリってお…

ncorporating protein flexibility in structure-based drug discovery: using HIV-1 protease as a test caseJ Am Chem Soc. 2004 Oct 20;126(41):13276-81タンパクがゆらゆらしていることも考えて cavity を上手に埋める方法の提案．consensus cavity を見…

Biologically valid linear factor models of gene expressionBioinformatics 2004 Nov 22;20(17):3021-3033発現パターンを線形分解して，どんな確率分布が妥当かってのを検討したって話．単なる PCA(ガウス分布) はマズーってことのよう．一様分布 or ラプ…

Creation of genome-wide protein expression libraries using random activation of gene expressionNat Biotechnol 2001 May;19(5):440-5某所でで使われているネタ．強制発現プロモータみたいのをランダムにゲノムにぶち込んでクローンを作ってみましょう…

Accentuation of differentially expressed proteins using phage technologyAnal Biochem. 2004 Oct 15;333(2):351-7タイトルの通り phage display を使ってタンパク発現に差が有るものをよりはっきり見せるようにしましょうって話．lysate from tumor samp…

Evaluation of gene expression measurements from commercial microarray platformsNucleic Acids Res. 2003 Oct 1;31(19):5676-84ちょっと前のサイエンスでも触れられていた去年の論文．要は Affymetrix, Amersham (一色), agilent(二色)の異なる platform…

SpeedScreen: The "missing link" between genomics and lead discoveryJ Biomol Screen 2004 Sep;9(6):498-505Mass でスクリーニングってネタ．要は crude なサンプルから標的タンパクに「くっつく」化合物をスクリーニングしましょうってお話．サンプル自…

Label-free assays on the BIND systemJ Biomol Screen 2004 Sep;9(6):481-90BIND ってBiomolecular Interaction Network Database のことではなく，Biomolecular INteraction Detection system ってこと．細かい仕掛けはよく分からない (光学結晶とか wood'…

VEGF165b, an Inhibitory Vascular Endothelial Growth Factor Splice Variant: Mechanism of Action, In vivo Effect On Angiogenesis and Endogenous Protein ExpressionCancer Res 2004 Nov 1;64(21):7822-7835VEGF の splicing variant の一つが，血管新…

A gene expression signature for oxidant stress/reactive metabolites in rat liverBiochem Pharmacol 2004 Dec 1;68(11):2249-61地味だけど堅実で大事な研究．薬剤を投与したときの(肝臓での)発現変化を追っていくつかのクラスに分類したってお話．見よう…

A gene-coexpression network for global discovery of conserved genetic modulesScience 2003 Oct 10;302(5643):249-5去年のだ :-)．複数の種(H.sap, D.mel, C.ele, S.cer) で共通に(mRNA)発現量が相関しているペアには何か意味があるのでは? って言うのを…

Transcriptional regulatory code of a eukaryotic genomeNature 2004 Sep 2;431(7004):99-104比較ゲとChIP と既知のものを組み合わせて (functional?) DNA binding site を見つけ出したってストーリーなのかな? 203 の regulator 全てをチェックして，65 個…