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A first-draft human protein-interaction map
Genome Biology 2004, 5:R63
Yeast, C.elegans, Drosophila の protein-interaction map からオーソログを伝ってヒトの (putative) protein-interaction map を作りましたというお話．網羅性が高い(特に Yeast) ので，これまでに無い interaction map が出来上がっていますよってのがウリ．手法自体には目新しいところは無いと思うので，オーソログ探索の部分が要になるのだろうと感じた．オーソログ探索には InParanoid を使っている．これが，真っ当なのかどうかは使ったことが無いので知らないが，この論文の中では

First, many genes from lower eukaryotes have multipe co-orthologs in human, which can be identified using InParanoid, but not by simple one-to-one sequyence-similarity searches. Second, InParanoid can successfully distinguish these true co-orthologs from paralogs

なんて書いてある．Yeast とヒトのオーソログ探しぐらいになると「相思相愛」モデルはやり過ぎってのは理解できる．この論文のデータの精度は元の(Yeast, C.elegans, Drosophila の)データの精度と InParanoid の精度に依存しているんで，そこんところを突っ込んで欲しかったなぁと感じた．とりあえず，InParanoid 要チェックかな? 最終ブツの精度の評価には interacting pair が GoTerm を共有するかで判断している．