僕は，アカウンタビリティーとかメンドーなことは考えてないんだ．でも，ここに書き始めて本当に良かったと思っている．どんな形であれ，自分の思ったこと・感じたことを外部に吐き出すってことが自分のためになると実感している．一言で言えば， 恥をさらせ…

23 Feb. 2004 - Chimpanzee Draft Assembly Released だそうです．比較ゲノムな人は要チェックかな?

昨日までは期末報告書, 今日からは研修で缶詰．今週は何もできない(泣)

caCORE: a common infrastructure for cancer informaticsBioinformatics 2003 Dec 12;19(18):2404-12うーん，見落としていた．cancer 関係のオントロジーを整備して，データ・アプリケーション企画を定め，SDK も作りましたっていうお話．一つ一つの技術は …

Protein GI 13236538 の様に， This record was replaced or removed. See revision history for details. ってなやつの revision history データはどこにあるのだろう? っつーか，4000以上もの obsolete GI と NP の対応関係を作らねばならないハメになって…

は，見ていて楽しいですね．ある程度約束事ができている上での豊かな発想……．これが，ジーコの目指すサッカーではなかろうか? ジーコの理想とするサッカーはジーコでは実現出来なさそうなのがなんと言うか，アレですね．それにしても，ヒマラヤこと平山がス…

Whole-genome shotgun assembly and comparison of human genome assembliesProc Natl Acad Sci USA 2004 Feb 17;101(7):1916-21whole-genome shotgun なんて気張ってデータ囲い込まんでも，public data assemble で充分じゃないの? って質問に対する celera…

Short interfering RNAs can induce unexpected and divergent changes in the levels of untargeted proteins in mammalian cellsProc Natl Acad Sci USA 2004 Feb 17;101(7):1892-7ちゃんと特異性を考えて siRNA 作ったのに非ターゲットの発現も変わっちゃ…

Normalization and analysis of cDNA microarrays using within-array replications applied to neuroblastoma cell response to a cytokineProc Natl Acad Sci 2004 Feb 3;101(5):1135-40ノーマライズを頑張ってみましたってお話．Fold-change の大きな遺伝…

ジーコ辞めてほしいなぁ

In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2Science 2004 Feb 6;303(5659):844-8. Epub 2004 Jan 02一部では熱い p53-MDM2 絡みのお話．さすが Roche．p53 は MDM2 の発現を upregulate し，MDM2 と結合することで核外に…

あ，滅びの言葉のトップから，件の会社が落ちましたね．koseki さん, Slashdot に天誅が下るのでしょうか……

Functional genomic hypothesis generation and experimentation by a robot scientistNature 2004 Jan 15;427(6971):247-52うーん，イロモノかなぁ? 1.仮説作成→ 2.検証実験の実行→ 3.データの検証→ 1. へ戻る を繰り返すシステムを作って Aromatic Amino A…

Gene specific siRNA selectorBioinformatics 2004 Feb 12;20(3):430-2. Epub 2004 Jan 22こんなのが欲しかったんだ．特に何が新しいってわけでもないけど，アプリケーションとしてまとまっているのが大事．ただし，この分野を追っかけていなかったので，似…

なんか，某研究室ゼミで発表することになりそうな気配

今号の Bioinformatics 誌は．bioconductor 物が多いな． A benchmark for Affymetrix GeneChip expression measuresBioinformatics 2004 20(3):323-331様々なノーマライズ手法の特徴を比較しましたという話．具体的には Normalize 手法としては，Mas5, dChi…

恥をさらすことが勉強になる んですよね．ここにイロイロ書いて，恥をさらすことがそのまま勉強になっていると感じます．

Uses and abuses of mathematics in biologyScience 2004 Feb 6;303(5659):790-3サイエンスの Mathematics in Biology 特集号にあった概説．なんと言ってもタイトルにあるabusesがイイ(゜∀゜). 数学は生物学に無くてはならないツールになってきているが，複…

kwg さんの日記 より R+Ruby を発見．RSRuby じゃ無いんだね．これで幸せになれるかなぁ? それにしても，R 関連の資料って "R" 一文字だからググり難いな．

The HUPO PSI's Molecular Interaction format-a community standard for the representation of protein interaction dataNat Biotechnol 2004 Feb;22(2):177-83Protein interaction data の標準化(XML 形式)に関する提言と解釈しました，今のところ，Prote…

RSPerl + Bioconductor ってデータ整理・変換にとっても便利。アカデミックな世界では不要かもしれないけどね。RSRuby ってないのかな?

Global Mapping of the Yeast Genetic Interaction NetworkScience 2004 Feb 6;303(5659):808-813Yeast の Genetic Interaction 134遺伝子×約4700 遺伝子分調べましたというお話．この手の話にも食傷気味な今日この頃． 早いところ，だれか 4700×4700 でやら…

Yeast Genetic Interaction のデータが追加された． ソフトウェア ver 2.5 に更新されたらしい．使ってないのでよく分からないけど……

べつにたいした理由じゃないんだけどね．皆様のサイトで有用な情報を得ることが多いので，自分もすこし恩返しができたらいいなと思ってはじめたんだ．だから，自分が面白い・参考になると思ったことを書き溜めているんだ．自分を叱咤する意味もある．思いも…

世の中にどういうデータ・ツールがあるのかも知らない・調査しようともしないで，解析・プログラミングしようとする奴がいる．学而不思則罔、思而不学則殆だと思うんだ．自戒もこめて……．次は愚痴じゃなくて本当に言おう．

Enzyme immobilization in a biomimetic silica support.Nat Biotechnol. 2004 Feb;22(2):211-3. Epub 2004 Jan 11こういうアイディアもあるんだと，自分の不勉強を恥じた内容．アイディアの基本は，多孔質シリカに酵素をトラップするとハッピーというもの．…

Evaluation of the predictive value of Her-2/neu gene expression on osteosarcoma therapy in laser-microdissected paraffin-embedded tissueLab Invest. 2004 Jan;84(1):113-21LCM(Laser capture microdissection) かましたら，今まで見えなかったのが…

Chemogenomic profiling: Identifying the functional interactions of small molecules in yeastProc Natl Acad Sci 2004 Jan 20;101(3):793-8. Epub 2004 Janこの間の Cell と同じような論文．yeast heterozygotes もの．っつーか，基本的なアイディアは同…

The HUPO PSI's Molecular Interaction format-- a community standard for the representation of protein interaction dataNature Biotechnology, February 2004 Volume 22 Number 2 pp 177 - 183 http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nbt/j…

こっちが要求してもいない Active Directory 化を勝手に行ったあげく、プリンターに接続できなくなった。ぶーぶー。