ncorporating protein flexibility in structure-based drug discovery: using HIV-1 protease as a test caseJ Am Chem Soc. 2004 Oct 20;126(41):13276-81タンパクがゆらゆらしていることも考えて cavity を上手に埋める方法の提案．consensus cavity を見…
厚労省の Toxicogenomics プロジェクトのシステムを受注した某企業．インストールプログラムに不備はあるわ，ドキュメントがぐちゃぐちゃだわでウガーってな感じ．言い訳も，「自分らは解析がメインで，システム部分(DB 部分)は(子会社に)外注してるんで，ウ…
Biologically valid linear factor models of gene expressionBioinformatics 2004 Nov 22;20(17):3021-3033発現パターンを線形分解して，どんな確率分布が妥当かってのを検討したって話．単なる PCA(ガウス分布) はマズーってことのよう．一様分布 or ラプ…
bioconductor for Windows 版 R へYEAST Metadata を放り込むのにはまった．何のエラーも無くインストールできたんだけど， library(YEAST) Loading required package: YEAST Error in namespaceExport(ns, exports) : undefined exports: YEASTENZYME, YEAS…
PathArt, KeyMolnet, Ingenuity, MetaCore/MetaDrug．はてさて，どれが良いものか……それとも買わんでも良いものか……
Pharmacogenetics Research Network and Knowledge Base Fourth Scientific Meeting.Pharmacogenomics J. 2004;4(6):359-361PGRN って組織があったのに気づいていなかった．反省．PharmGKB を運営しているところみたい．もうちと，調べてみよう
Creation of genome-wide protein expression libraries using random activation of gene expressionNat Biotechnol 2001 May;19(5):440-5某所でで使われているネタ．強制発現プロモータみたいのをランダムにゲノムにぶち込んでクローンを作ってみましょう…
Accentuation of differentially expressed proteins using phage technologyAnal Biochem. 2004 Oct 15;333(2):351-7タイトルの通り phage display を使ってタンパク発現に差が有るものをよりはっきり見せるようにしましょうって話．lysate from tumor samp…
Evaluation of gene expression measurements from commercial microarray platformsNucleic Acids Res. 2003 Oct 1;31(19):5676-84ちょっと前のサイエンスでも触れられていた去年の論文．要は Affymetrix, Amersham (一色), agilent(二色)の異なる platform…
SpeedScreen: The "missing link" between genomics and lead discoveryJ Biomol Screen 2004 Sep;9(6):498-505Mass でスクリーニングってネタ．要は crude なサンプルから標的タンパクに「くっつく」化合物をスクリーニングしましょうってお話．サンプル自…
Label-free assays on the BIND systemJ Biomol Screen 2004 Sep;9(6):481-90BIND ってBiomolecular Interaction Network Database のことではなく，Biomolecular INteraction Detection system ってこと．細かい仕掛けはよく分からない (光学結晶とか wood'…
VEGF165b, an Inhibitory Vascular Endothelial Growth Factor Splice Variant: Mechanism of Action, In vivo Effect On Angiogenesis and Endogenous Protein ExpressionCancer Res 2004 Nov 1;64(21):7822-7835VEGF の splicing variant の一つが，血管新…
Systems biology and new technologies enable predictive and preventative medicineScience. 2004 Oct 22;306(5696):640-3微量測定技術とコンセプトの紹介だな．personalized medicine とかを考える上で今後重要になる考え方のはず．今研究されている biom…
1.5 出た♥ R-2.0 仕様なのが何とも……
A gene expression signature for oxidant stress/reactive metabolites in rat liverBiochem Pharmacol 2004 Dec 1;68(11):2249-61地味だけど堅実で大事な研究．薬剤を投与したときの(肝臓での)発現変化を追っていくつかのクラスに分類したってお話．見よう…
Bioconductor ver. 1.5 がリリースされるはずなのだが……
A gene-coexpression network for global discovery of conserved genetic modulesScience 2003 Oct 10;302(5643):249-5去年のだ :-)．複数の種(H.sap, D.mel, C.ele, S.cer) で共通に(mRNA)発現量が相関しているペアには何か意味があるのでは? って言うのを…
今号のサイエンスは面白い記事が一杯あるな．Full Text は読めるのに PDF 版が無いのがあるのは何故だろう?
Transcriptional regulatory code of a eukaryotic genomeNature 2004 Sep 2;431(7004):99-104比較ゲとChIP と既知のものを組み合わせて (functional?) DNA binding site を見つけ出したってストーリーなのかな? 203 の regulator 全てをチェックして，65 個…
Predicting gene expression from sequenceCell 2004 Apr 16;117(2):185-98何ともまぁごっついタイトル．遺伝子の上流にあるモチーフ(≒ transcription factor binding site/sequence)のパターンから，遺伝子発現を予測しようという野心的な試み．まず，発現…
とある機関での「バイオインフォマティクス勉強会」なるところで， バイオインフォマティクスに関しては求職と求人のミスマッチが起きている。 企業が求めるのは必ずしも大学のバイオインフォコース（それ自体があまりないが） 修了者ではない。という話があ…
Regulation of gene expression by a metabolic enzymeScience. 2004 Oct 15;306(5695):482-4.S.cervisiae での話ではあるけれど，Arg5,6というタンパクはアルギニンの合成に関わる酵素なんだけれども，特定の DNA 配列に結合することが分かり，直接発現調節…
A comprehensive transcript index of the human genome generated using microarrays and computational approachesGenome Biol. 2004;5(10):R73. Epub 2004 Sep 23相変わらず Rosetta はいい仕事をしますね．predicted transcripts 全てを tiling array, …
Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein-protein interaction networkNature. 2004 Jul 1;430(6995):88-93タンパク・遺伝子間相互作用ネットワークはスケールフリーと呼ばれる性質を強く持ち，hub と呼ばれるいろんな相手と相…
Tools for loading Medline into a local relational databaseBMC Bioinformatics. 2004 Oct 7;5(1):146NLM から配布されているデータ(XML) をパースしてDB に放り込んでくれるツールの紹介．欲しいなと思っていたので助かるな．でも，NLM から配布されてい…
R 2.0.0の新機能・変更 base パッケージと stats パッケージにかつてあったすべてのデータセットは 新パッケージ datasets に移された。data() は適切な置き換えを、警告付きでおこなう。 しかし、datasets パッケージにあるデータオブジェクトは可視的であ…
A module map showing conditional activity of expression modules in cancerNat Genet. 2004 Oct;36(10):1090-8.以前に読んだ Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Jun 22;101(25):9309-14. と同じ様な話だな．コホートも測定プロトコルもちがうデータを集めて…
ArrayTrack なるものを発見．FDA 謹製 toxicogenomics 解析ツール兼DB のようだ．要チェックだな．コンタクトすれば local install 版も使えるようだ． Oracle (サーバ) + Java (クライアント) 構成．
The Comprehensive R Archive Networkを覗いていたら R-2.0 が公開されてる! 今月末には bioconductor 1.5 がリリースされる予定だし．そういえば，bioconductor の目的のひとつに解析の reproducibility が挙げられていた(Genome Biology 2004, 5:R80)けど…
TRMP: a database of therapeutically relevant multiple pathwaysBioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2236-41結構面白いデータベースだと感じた．PathArt みたいな感じかな? 正直，こっちのほうが使いやすいかもしれない……．でも，FLASH ってのは嬉しくな…
