クリステル姉さまの年収は 300万なんだってね．もっと出してあげればよいのに :-)
Role of the proto-oncogene Pokemon in cellular transformation and ARF repression本当は Pokemon じゃなくて Pokémon なんだけどね．ついでにリアルポケモンもメモっておこう．
Gaps in the Safety NetScience, Vol 307, Issue 5707, 196-198 , 14 January 2005昨年の COX2 阻害剤事件(Vioxx と Cereblex)や Aleve の件 を振り返って現状の safety net の課題をレポートしている．Iressa の件は述べられていない．煎じ詰めると Phase I…
Biological spectra analysis: Linking biological activity profiles to molecular structureProc Natl Acad Sci U S A. 2005 Jan 11;102(2):261-6論文というか，BioPrintの宣伝っぽい感じの内容．dose を固定(10μM)して 92の Druggable Proteins (半分近く…
Outcome signature genes in breast cancer: is there a unique set?Bioinformatics 2005 Jan 15;21(2):171-8いろんなグループが○△マーカを見つけましたってコトをやっていて，Gene Expression 業界もやっぱりマーカ話をやっている．ところが，Gene Expressi…
PathArt, metacore, keymolnet, IPA は触ったんだけど ML に感想を流すとまずい気がする．ちなみに， pathway 推定にはどの製品もイマイチ……というか，僕はそういう解析は(現在の技術では)商品化は無理だろうと思っている．この手の製品の良さは自分の知らな…
読んだ．久々に濃い SF 読んだ気がする．神林長平の新刊でないかな〜?
ミーガン法のまとめ ミーガン法を支持する方がこのサイトを読むと、内容が一方的で不当であるように感じられるかも知れない。そこで提案なのだが、そう感じるあなた自身が、ミーガン法を肯定する資料を集めた「まとめサイト」を作ってみてはいかがだろうか。…
How many samples are needed to build a classifier: a general sequential approach.Bioinformatics 2005 Jan 1;21(1):63-70癌種鑑別などを目的とした(Gene Expression を使った)解析にはサンプルがどのくらい必要なのかを，測定を進めながら判断しようと…
Bio-Linux ってのを発見
id:asa-_-3 さん経由で知ったが，science と PNAS が RSS feed を始めたようだ．これで， Nature Science GenomeBiology NAR Bioinformatics PNAS とメジャーどころが対応するようになってきている．Oxford University Press は全て RSS feed してるっぽい．…
Global Identification of Human Transcribed Sequences with Genome Tiling ArraysScience. 2004 Dec 24;306(5705):2242-2246Affymetrix では無いところから出た，ヒト全ゲノムタイリングアレイな話．maskless photolithographic DNA synthesis technology …
Thunderbird 日本語版が出た．嫁に使わせてみようかな :-)
デッドライン―ソフト開発を成功に導く101の法則を購入してみた．これはソフト開発の話というより一般的なプロジェクト管理の話だと思った．頷けるところ大なので，同じ著者の別の本 ゆとりの法則 ? 誰も書かなかったプロジェクト管理の誤解 も購入することに…
NAR Database Issue 2005 出てる♥
Integration with the human genome of peptide sequences obtained by high-throughput mass spectrometryGenome Biology 2004, 6:R9坊氏も目を留めた一報．Mass で同定した全てのペプチドをゲノム上にマップしたぞって話．EST じゃなくて EPT って感じかな…
毛筆崩し書体生成システムなんてのを発見．年賀状に使えるかな? ougishi って王羲之のことだな．
biobarなる拡張を発見
Pfizer Finds Celebrex Heart Attack RiskCOX-2 阻害剤の癌適応に関する臨床試験で心疾患イベントがプラセボに比して 2倍高くなったということで臨床治験を中止したようですね．回収はまだ考えていない模様．VIOXX に引き続きということで，COX-2 回りには激…
Effects of pooling mRNA in microarray class comparisonsBioinformatics 2004 Dec 12;20(18):3318-25(コストカットのために)サンプルをプールして測定すべきか，プールしないで測定すべきかを検討した話．要は，検出力を保ちながらアレイの数を減らす為に…
Time-related differences in the physical property profiles of oral drugsJ Med Chem. 2004 Dec 2;47(25):6338-48Something never change (Nature Reviews Drug Discovery 4, (2005); doi:10.1038/nrd1614)に出ていた興味深い記事の元ネタ．最近数十年に…
警察の電話偽装表示 ってコトなので，ナンバーディスプレイは信用ならんと言うことか……．セチガライ世の中になってきたのぉ
Poll: Math applicationsなんてコトをやっている．統計ソフトに何使ってるってアンケートで，Rが一位になっている．同記事にかかれているように，S/S-Plus を使う人より R を使う人が多いのに，Matlab を使う人の方が (Matlab のオープンソース版である) oct…
Noise filtering and nonparametric analysis of microarray data underscores discriminating markers of oral, prostate, lung, ovarian and breast cancerBMC Bioinformatics. 2004 Nov 29;5(1):185(シグナル値依存的な)ノイズの大きさを見積もって fold-…
某所でのお喋りのために，パッケージの導入法を再確認．以前にはまった YEAST *1 は library(reposTools) z http://www.bioconductor.org/data/metaData") install.packages2("YEAST", repEntry=z) とやれば良いことに気づいた．ただし，このやり方で golubE…
A probabilistic functional network of yeast genesScience 2004 Nov 26;306(5701):1555-8何故サイエンスに載るのか良く理解できなかった X-(．様々なデータソースとパスウェイデータベースを(Bayes like に)つき合わせて信頼度の高いネットワークを作りま…
Computational and Statistical Aspects of Microarray Analysis
大学院進学はまちがいなく自殺行為である安易に大学院進学させるのはまちがいなく殺人行為である
Prediction of survival in follicular lymphoma based on molecular features of tumor-infiltrating immune cellsN Engl J Med 2004 Nov 18;351(21):2159-69.濾胞性リンパ腫の生存(年数)を予測するマーカを遺伝子プロファイルより得てみたらビックリってお…
Functional genomics to new drug targetsNat Rev Drug Discov. 2004 Nov;3(11):965-72.Novartis での取り組みを書いたレビュー．かっちょえぇなぁ．最近流行りの zebrafish モノの話が出ていて参考になった
