Gefitinib-sensitizing EGFR mutations in lung cancer activate anti-apoptotic pathScience. 2004 Aug 20;305(5687):1163-7. Epub 2004 Jul 29.なんか，今朝は(この論文の話ではないけど)新聞・TV ネタになっていた Iressa(Gefitinib)のお話．要は Iressa …

Hit-to-lead studies: the discovery of potent, orally active, thiophenecarboxamide IKK-2 inhibitors.Bioorg Med Chem Lett. 2004 Jun 7;14(11):2817-22 読んで字のごとく HTS であたってきた化合物からリードまでどのように開発してきたかというケース…

A first-draft human protein-interaction mapGenome Biology 2004, 5:R63Yeast, C.elegans, Drosophila の protein-interaction map からオーソログを伝ってヒトの (putative) protein-interaction map を作りましたというお話．網羅性が高い(特に Yeast) …

Graph-based iterative Group Analysis enhances microarray interpretationBMC Bioinformatics. 2004 Jul 23;5(1):100(microarray で釣ってきたような)遺伝子群をアノテーションベースでグラフっぽくクラスタリングしてみたというお話．つまり，A,B,C とい…

Coexpression analysis of human genes across many microarray data setsGenome Res 2004 Jun;14(6):1085-94複数のデータソースから何か意味をひねり出そうというお話．具体的には複数のデータソースで発現パターンが相関している遺伝子は何らかの意味があ…

Genome-wide discovery of loci influencing chemotherapy cytotoxicityProc Natl Acad Sci U S A. 2004 Aug 10;101(32):11809-14薬剤感受性(毒性)に相関するゲノム上の位置を(ゲノムワイドに)探し出しましたってお話．対象としているのは 5-FU と docetaxel…

Gardener さん経由技術系サラリーマンより，初等幾何の問題．昔塾講師で教えた気がする．こいつは補助円を使うのがミソ．色んなところに同じ長さの線が(5本)できて，最後は円周角の定理でパシッと求まるのだ．懐かしい

Overweight, obesity and cancer: epidemiological evidence and proposed mechanismsNat Rev Cancer. 2004 Aug;4(8):579-91って記事が出てた．リスクファクターだってだけの話だけど，衝撃的なタイトルだ :-)

Fragment-based lead discoveryNat Rev Drug Discov. 2004 Aug;3(8):660-72今までのライブラリーベースでの HTS じゃぁ Hit が少ない or 開発がしにくいじゃんかってお話．いまのライブラリーは業界標準である Rule of 5を元にして作っているんだけど，この…

Drug repositioning: identifying and developing new uses for existing drugsNat Rev Drug Discov. 2004 Aug;3(8):673-83特許切れジェネリック医薬品の話ではなく，開発当初とは思っても見なかった別の作用での医薬品の話．サリドマイドの話が有名．このレ…

Statistical modeling for selecting housekeeper genesGenome Biol. 2004;5(8):R59.RT-PCR なんかでコントロールとして使う遺伝子に求められる性質は，モリモリ発現していて変動が少ないってこと．それを指標にして housekeeping gene として良いのはなんだ…

選手を壊して行くジーコは捨て捨てだと思ってるんだけど，グダグダながら勝っているのはドイツっぽいというか強豪っぽくなっているということなのかなぁ? ただし，僕の気持ちはアジアカップで優勝してもジーコはNo!なんだ．

Mixture models for assessing differential expression in complex tissues using microarray dataBioinformatics. 2004 Jul 22;20(11):1663-9Normal v.s. tumor の比較を(microarray で)行おうとするとき，LCM(laser capture microdissection) なんかを使…

コッリーナが最高 :-)

Second-generation biopharmaceuticalsEuropean Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics in press(広義の)タンパク製剤の現状に関するレビューだった．触れているのは，変異を加えたタンパク製剤・(ヒト化)抗体・fusion protein・PEG 化に代表される…

自分の DNA を受け継いでる生き物を見るってのは変な感じだね。とりあえず、泣き喚き動き回って元気なので安心しました。

でも飛行機がもうないし面会は午後 15:00〜なので，あす午後から出発 :-)

Drug discovery: The leading edgeNature. 2004 Jul 1;430(6995):109-15(bio)informatician って言うか，初期スクリーニングに関わるような人に参考になると思った．HTS/Library Design/Structure based(guided) design/knowledge management と言った主題に…

To Pool or Not to Pool: A Question of Microarray Experimental Design なる文書を bioconductor ML より入手した．結論は「サンプル数が 3以下なら，プーリングした方が良い」だった．関連論文もいくつかあるようなので，チェックしておこう

嫁さんを驚かそうと思って，四半世紀ぶりくらいにピアノ(イタリア協奏曲 BWV 971)を弾いてみた．子供のころにやったのって，いまでも弾けるのね．弾きながら楽譜を見ると，子供のころや CD では見落としていた意図みたいなのが分かる気がする．やっぱり，音…

Jellyfish could yield next Viagraより Researchers have found that one rare species also causes an extra symptom of prolonged erections in male victims. だとさ．ちなみに，この毒くらげIrukandjiは致死性の毒をもっているので，良い子のみんなは注…

Overriding imatinib resistance with a novel ABL kinase inhibitorScience. 2004 Jul 16;305(5682):399-401要はグリベックが効かない SNP を持つ患者にも効くのを見つけたよって言うお話．現在 Phase I の様ですね．BMS-354825 はグリベック耐性のある変異…

スケールフリーネットワークってキーワード登録されてるんですね．

Clustering of DNA Sequences in Human PromotersGenome Res. 2004 Jul 15有料モノが多い転写因子モノの中で publicly available なソースを使って解析をしてみましたというお話．DNA 8mer(48=65536通り)の中で TSS からの位置(dbtss を利用)によって有意に…

ウチの期待の若手がバイオインフォマティクス夏の学校に行く．僕は若くないから行けない :-)#未だ，待ち人来ず．予定ではあと 1週間

Exploration of Essential Gene Functions via Titratable Promoter AllelesCell. 2004 Jul 9;118(1):31-44Functional discovery via a compendium of expression profiles(Cell. 2000 Jul 7;102(1):109-26) の続編みたいな感じですね．研究グループも同じだ…

Courts crack down on drug marketing strategiesNature Medicine 10, 655 (2004)製薬会社の「通常の戦略(common pharmaceutical maketing tactics)」に対して，司法が調査を始めているってお話．GlaxoSmithKline(kinase セミナーありがとう) や Phizer の例…

Twist, a master regulator of morphogenesis, plays an essential role in tumor metastasisCell. 2004 Jun 25;117(7):927-39Drosophilla ではembrionic morphogenesis に関わっていると知られているTWISTが，癌の転移に関わっているという話．彼らはPrimar…

Chemical screening by mass spectrometry to identify inhibitors of anthrax lethal factorNat Biotechnol. 2004 Jun;22(6):717-23Mass を使ってプロテアーゼ阻害剤を探す一次スクリーニングを行いましたというお話．切られてしまうペプチドを固相化して，…

library(hgu95av2) library(GO) get("GO:0016787", env=hgu95av2GO2ALLPROBES) get("GO:0016787", env=hgu95av2GO2PROBE)