2004-01-01から1年間の記事一覧

VEGF165b, an Inhibitory Vascular Endothelial Growth Factor Splice Variant: Mechanism of Action, In vivo Effect On Angiogenesis and Endogenous Protein ExpressionCancer Res 2004 Nov 1;64(21):7822-7835VEGF の splicing variant の一つが,血管新…

Systems biology and new technologies enable predictive and preventative medicineScience. 2004 Oct 22;306(5696):640-3微量測定技術とコンセプトの紹介だな.personalized medicine とかを考える上で今後重要になる考え方のはず.今研究されている biom…

1.5 出た♥ R-2.0 仕様なのが何とも……

A gene expression signature for oxidant stress/reactive metabolites in rat liverBiochem Pharmacol 2004 Dec 1;68(11):2249-61地味だけど堅実で大事な研究.薬剤を投与したときの(肝臓での)発現変化を追っていくつかのクラスに分類したってお話.見よう…

Bioconductor ver. 1.5 がリリースされるはずなのだが……

A gene-coexpression network for global discovery of conserved genetic modulesScience 2003 Oct 10;302(5643):249-5去年のだ :-).複数の種(H.sap, D.mel, C.ele, S.cer) で共通に(mRNA)発現量が相関しているペアには何か意味があるのでは? って言うのを…

サイエンス

今号のサイエンスは面白い記事が一杯あるな.Full Text は読めるのに PDF 版が無いのがあるのは何故だろう?

Transcriptional regulatory code of a eukaryotic genomeNature 2004 Sep 2;431(7004):99-104比較ゲとChIP と既知のものを組み合わせて (functional?) DNA binding site を見つけ出したってストーリーなのかな? 203 の regulator 全てをチェックして,65 個…

サルベージ強化期間中

Predicting gene expression from sequenceCell 2004 Apr 16;117(2):185-98何ともまぁごっついタイトル.遺伝子の上流にあるモチーフ(≒ transcription factor binding site/sequence)のパターンから,遺伝子発現を予測しようという野心的な試み.まず,発現…

企業が必要とするインフォマティクス

とある機関での「バイオインフォマティクス勉強会」なるところで, バイオインフォマティクスに関しては求職と求人のミスマッチが起きている。 企業が求めるのは必ずしも大学のバイオインフォコース(それ自体があまりないが) 修了者ではない。という話があ…

Regulation of gene expression by a metabolic enzymeScience. 2004 Oct 15;306(5695):482-4.S.cervisiae での話ではあるけれど,Arg5,6というタンパクはアルギニンの合成に関わる酵素なんだけれども,特定の DNA 配列に結合することが分かり,直接発現調節…

A comprehensive transcript index of the human genome generated using microarrays and computational approachesGenome Biol. 2004;5(10):R73. Epub 2004 Sep 23相変わらず Rosetta はいい仕事をしますね.predicted transcripts 全てを tiling array, …

Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein-protein interaction networkNature. 2004 Jul 1;430(6995):88-93タンパク・遺伝子間相互作用ネットワークはスケールフリーと呼ばれる性質を強く持ち,hub と呼ばれるいろんな相手と相…

Tools for loading Medline into a local relational databaseBMC Bioinformatics. 2004 Oct 7;5(1):146NLM から配布されているデータ(XML) をパースしてDB に放り込んでくれるツールの紹介.欲しいなと思っていたので助かるな.でも,NLM から配布されてい…

R-2.0 メモ

R 2.0.0の新機能・変更 base パッケージと stats パッケージにかつてあったすべてのデータセットは 新パッケージ datasets に移された。data() は適切な置き換えを、警告付きでおこなう。 しかし、datasets パッケージにあるデータオブジェクトは可視的であ…

A module map showing conditional activity of expression modules in cancerNat Genet. 2004 Oct;36(10):1090-8.以前に読んだ Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Jun 22;101(25):9309-14. と同じ様な話だな.コホートも測定プロトコルもちがうデータを集めて…

ArrayTrack

ArrayTrack なるものを発見.FDA 謹製 toxicogenomics 解析ツール兼DB のようだ.要チェックだな.コンタクトすれば local install 版も使えるようだ. Oracle (サーバ) + Java (クライアント) 構成.

R-2.0

The Comprehensive R Archive Networkを覗いていたら R-2.0 が公開されてる! 今月末には bioconductor 1.5 がリリースされる予定だし.そういえば,bioconductor の目的のひとつに解析の reproducibility が挙げられていた(Genome Biology 2004, 5:R80)けど…

TRMP: a database of therapeutically relevant multiple pathwaysBioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2236-41結構面白いデータベースだと感じた.PathArt みたいな感じかな? 正直,こっちのほうが使いやすいかもしれない…….でも,FLASH ってのは嬉しくな…

A Toxicogenomic Approach to Drug-Induced Phospholipidosis: Analysis of Its Induction Mechanism and Establishment of a Novel in Vitro Screening System.Toxicol Sci. 2004 Sep 1シンプルかつ重要な仕事と思われた.やっていることは薬の副作用(毒性)…

学会 3日目

僕がもっとも深く involve している S社のランチョンセミナーだけが不人気だった。当然かな? それはともかく、20個の実験データを 13個のパラメータでフィッティングするってのはやりすぎ(パラメータ大杉)じゃないかな?

癌学会二日目

メモ kinase inhibitor はあんまし specific 過ぎても使えない NCI-60 使える atelocollagen-based Cell transfection array ついでに、昨日強風でヅラが飛んでるのを追っかけてる人を見た。漫画のようだけど本当の話

癌学会

癌学会で福岡に来た。タバコをすっている癌学会出席者が多いのにびっくり。油谷先生のところの GIM が(SNP アレイの本筋の使い方ではないにせよ)見やすいのに感動。でもダウン症のプロファイルが 21 トリソミー (3/2=1.5) っぽく無いのが何だかなぁ

永田ひさやす

ここのトコロ,子供の世話に忙しく更新していなかったけど,腹が立つことが あったので更新してみる.腹が立ったのは「永田寿康 & 善家禎恵」.まったく面識が無いのに結婚披露宴(を騙ったイベント)招待状を送ってきた.ググって見ると民主党議員らしい.ど…

Chemical genomics in yeastGenome Biol. 2004;5(9):240. Epub 2004 Aug 27酵母に様々な化合物を振りかけた時の transcripts の変化を追うって話のレビュー.見落としていた論文の落穂拾いになった.

オレオレ詐欺

実体験!オレオレ詐欺を読んだ.オレオレ詐欺という言葉からは想像できないほど,良く練られていますね.手品と同じでタネを知っていても引っかかってしまう可能性が高いと感じた.ちょっとビビったのは,犯人グループが「ケータイ番号」「契約者名」「住所…

Single cell profiling of potentiated phospho-protein networks in cancer cellsCell 2004 Jul 23;118(2):217-28Cancer cells と書いてるけど調べてるのは白血病だけ.STAT 1/3/5/6, p38, Erk1/2 のリン酸化状態が刺激(FL, GM-CSF, G-CSF, IL-3, IFNγ) に…

One nucleotide in a kappaB site can determine cofactor specificity for NF-kappaB dimersCell. 2004 Aug 20;118(4):453-64NF-κB はユルユルで,色んな配列に結合することが知られている.でもユルユルにも関わらず個々のオーソロググループでは NF-κB 結…

Predicting drug sensitivity and resistance; Profiling ABC transporter genes in cancer cellsCancer Cell. 2004 Aug;6(2):129-37癌種 specific に発現する薬剤排出トランスポータは何か? とか薬剤 specific に発現亢進するトランスポータは何かなどを調…

Alternative mapping of probes to genes for Affymetrix chipsBMC Bioinformatics. 2004 Aug 14;5(1):111NetAfx でついているアノテーションって言うか,probe ⇔ gene の対応関係ゲロゲロ,ウチでちゃんとしたの作ったよってお話.でも,イマイチどう作った…