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Noise filtering and nonparametric analysis of microarray data underscores discriminating markers of oral, prostate, lung, ovarian and breast cancer
BMC Bioinformatics. 2004 Nov 29;5(1):185
(シグナル値依存的な)ノイズの大きさを見積もって fold-change ベースでの解析の false-positive を減らそうという話．理屈から言って false-negative は減らないはず．著者らはシグナル値別に fold-change の top 80% を求め，それより大きな(小さな) fold-change はノイズであるとしている．さらに，random permutation っぽいことをやって false-positive の少ない normal-malignant で差がある遺伝子の抽出を行っている．いきなり，実際の測定ではなくて replicates にコントロール mRNA を放り込んで，その mRNA だけが引っ掛かってくるかどうかを確認せんでもよいのかなぁと感じた．