bioconductor 特集か?

論文

今号の Bioinformatics 誌は．bioconductor 物が多いな．
A benchmark for Affymetrix GeneChip expression measures
Bioinformatics 2004 20(3):323-331
様々なノーマライズ手法の特徴を比較しましたという話．具体的には Normalize 手法としては，Mas5, dChip, RMA を対象にしており，以下の観点から各手法を比較している．

  • replicate array での発現量差が小さいか否か
  • (本当の)RNA量に対する測定量の大きさ
  • (本当の)RNA量に対する測定量 fold-change の感度
  • (本当の)RNA量比に対する測定量比の精度
  • fold change が発現量が変動する遺伝子のdetection に使えるか

残念ながら，vsn は比較対照には入っていなかった．

『言っちゃいけないとは分かっているけど，RMA が一番よさそうだ』ってのが結論のようです．