CDK も微妙に電荷の扱い(MDLWriter)に問題があった．Molfile (V2000)の仕様では "M CHG" 行以外にも AtomBlock に電荷データを書くようになっているのだけど，CDK 提供の MDLWriter ではそこにデータを書かないようだ．SDF を読むツールによっては表示やデー…

CDKを利用して Molfileの読み込み(書き込み)ではまった．Molfile では化学構造を保ったままグループ化表記することが出来る(-O-CH3 と描かずに -OMe と描ける．-O-CH3 という情報は消えない)が,以下のようなプログラムを通すと，OMe という原子を Molfile に…

PerlMolでハマッた．どうやら "M CHG" 行が無いと電荷の認識をしないようだ．プログラムのしやすさという意味では perlmol が良いのだが，全体的な機能という意味ではThe Chemistry Development Kit (CDK)の方が良い感じ．でも機能が多すぎて全体を見渡せな…