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PerlMolでハマッた．どうやら "M CHG" 行が無いと電荷の認識をしないようだ．プログラムのしやすさという意味では perlmol が良いのだが，全体的な機能という意味ではThe Chemistry Development Kit (CDK)の方が良い感じ．でも機能が多すぎて全体を見渡せない．Ring bond か否かを CDK を利用して判断するのにはどうしたらよいのだろう? とりあえず，ChemRuby" に期待．