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CDK も微妙に電荷の扱い(MDLWriter)に問題があった．Molfile (V2000)の仕様では "M CHG" 行以外にも AtomBlock に電荷データを書くようになっているのだけど，CDK 提供の MDLWriter ではそこにデータを書かないようだ．SDF を読むツールによっては表示やデータハンドリングに問題が出るかも知れない．正直に書くと，AtomBlock のデータしか読まないアプリケーションにブチ当たって気づいた現象．どうした物かな? とりあえず，Open Babel で整形を考えてみようかな?