CDKを利用して Molfileの読み込み(書き込み)ではまった.Molfile では化学構造を保ったままグループ化表記することが出来る(-O-CH3 と描かずに -OMe と描ける.-O-CH3 という情報は消えない)が,以下のようなプログラムを通すと,OMe という原子を Molfile に書き出してしまった.


IteratingMDLReader reader = new IteratingMDLReader(new FileReader(input));
while(reader.hasNext()){
Molecule mol = (Molecule)reader.next();
MDLWriter writer=null;
writer = new MDLWriter(ow); /* ow は FileOutputStream */
writer.writeMolecule(mol);
ow.write(delimiter); /* delimiter は "$$$$\n" */
}
PerlMol は Charge のハンドリングに問題あるし,ナカナカ良い製品は無いですね.今回の経験を元に商用製品を当たってみよう