PerlMolでハマッた.どうやら "M CHG" 行が無いと電荷の認識をしないようだ.プログラムのしやすさという意味では perlmol が良いのだが,全体的な機能という意味ではThe Chemistry Development Kit (CDK)の方が良い感じ.でも機能が多すぎて全体を見渡せない.Ring bond か否かを CDK を利用して判断するのにはどうしたらよいのだろう? とりあえず,ChemRuby" に期待.

Hardware-accelerated protein identification for mass spectrometry
Rapid Commun Mass Spectrom. 2005;19(6):833-7.
FPGA で組んだ Mass 用 高速配列検索マシンの話.1秒以内にヒトゲノムから検索できるらしい.FPGA に関して詳しいことは良く分からないけど,MASS の解析を行う上でネックになっているところが解決できているので興味大だな.簡単にお試し出来るのかな?