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論文

Assessment of chemical libraries for their druggability
Comput Biol Chem. 2005 Feb;29(1):55-67
何が新しいんだかイマイチよく分からなかった．Rule of Five やら reactive residues を持たないなどの条件を満たす化合物を調査しましたって話．調査項目は至って常識的で問題はなにも無いが，あまりに常識的過ぎて何が新しい知見なのかが分からなかった．ただし，世の中に出回っているライブラリーにどのようなものがあるのかの一覧表が載っていたので，その意味では参考になった．

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論文

A family of phosphodiesterase inhibitors discovered by cocrystallography and scaffold-based drug design
Nat Biotechnol. 2005 Feb;23(2):201-7.
conventional HTS と fragment based design の中間を狙った戦略で上手くいきましたという話．Conventional Study では，スクリーニングすべき化合物が山のようにあってナカナカ Hit にたどり着けないしお金もかかりすぎる．Fragment based だと活性が弱すぎて functional assay にかからないし，fragment を結んでもナカナカ良い活性が得られない．そこで，スクリーニングソース(ライブラリー)ネタとして，ある程度分子量の小さな(〜350Da)モノを用意して functional assay を行い，結晶構造解析により妥当な Lead を見つけましょうという戦略を採っている．常にうまく行く方法とは思わないけど，ハマれば美しい結果が出るような感じ．今度のセミナーネタにしよう．

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論文

A small molecule-kinase interaction map for clinical kinase inhibitors
Nat Biotechnol. 2005 Feb 13
競合溶出を利用した high-throughput(?) な kinase-binding assay を開発したという内容かな? 119 の kinases に対して 20の化合物(imatinib や gefitinib など)の結合能を見ている．競合溶出が基本原理なので functional assay では無いことに注意．ATP-binding ポケットとの競合ならそれなりに意味がある結果になりそうな気はするけど……．このやり方が有効であるためには，各 kinase の ATP-binding ポケットにキッチリと結合する(競合させる側の)化合物を準備する必要があると思われるので，それがカギかな?

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論文

Database of mRNA gene expression profiles of multiple human organs
Genome Res. 2005 Mar;15(3):443-50
cDNA アレイベースでヒト normal sample の transcriptomic database を作りましたという話．Gene Atlas などと同じ系統．Caucasian, African Amrican, Pacific Ocean Ilands の 3人種からデータを取っている．死因は外傷・心疾患・喘息(???)な患者であって，癌ではなさそう．Oncogenomics Normal Tissue Gene Expression Databaseより使える．今まで見た中では一番サンプルが多い(30 donors 19組織 158サンプル)し，著者らが強調するように biological replicates が多いのも Good. よく調べてみよう

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論文

Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populations
Science. 2005 Feb 18;307(5712):1072-9
Perlegen にしか(予算的に)出来ない研究ですね．ヨーロッパ系・アフリカ系・アジア系アメリカ人総数 71人に対して 160K の SNP をタイピングして解析したっていうネタ．全染色体上での(人種別)連鎖不平衡マップなど興味深いネタが提供されていた．

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論文

Signal in noise: evaluating reported reproducibility of serum proteomic tests for ovarian cancer
J Natl Cancer Inst. 2005 Feb 16;97(4):307-9
要するに 2002年 の Lancet に載った卵巣がん早期発見を血清マーカで出来るよってのがいいかげんだって言うお怒りネタ．エポックメイキングな論文だったのに無残．

these results have proven difficult to reproduce

とか

he authors have since reported that they did not perform the analysis as described

とか

Our analysis reveals that the pattern that enabled successful
classification is biologically implausible

など楽しすぎ♥．大事なコトは

We conclude that the reproducibility of the proteomic profiling approach has yet to be established

ってことですね．