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Gene Expression Signature of Fibroblast Serum Response Predicts Human Cancer Progression: Similarities between Tumors and Wounds
PLoS Biol 2004 Jan 13;2(2)
PLoS にチェックを入れとくのを忘れていた．Alertとアンテナに登録．癌の浸潤と傷が治る過程ってのは似ているので，両者を比べることで何か分からないか? っていうのからスタートした話．まず，血清にさらして(傷をつけたのと同じ様な感じになる) 変動する遺伝子を洗い出し，その遺伝子群を使って癌サンプル v.s. Normal サンプルの比較を階層的クラスタリングで解析している．これらの結果(Fig.2) を見ると，Tumor/Normal が綺麗に分離できているのが分かる．また，予後予測もうまく出来ているようだ．

この手の話は去年の分生でもあったらしい(参加できなかった．今年こそは行くぞ)．ひとつ気になったのは，Serum Response Probes ってアイディアが生かされているのか否かが分からないって所．分離・予測がしたいなら，それを目的にマーカ選択をバイアスかけずにやれば良いじゃないかって気がするのだ．Serum Response Probes を使うと，Tissue 由来であることに起因するサンプル間の heterogenity が解消できるのかな?