■

Unbiased Mapping of Transcription Factor Binding Sites along Human Chromosomes 21 and 22 Points to Widespread Regulation of Noncoding RNAs
Cell 2004 Feb 20;116(4):499-509
Affymetrix な方による，Transcription Factor Binding sites (TFBS) ってどのくらいあるの? っていう疑問に対する回答ですね(それだけじゃないけど)．Transfac やら何やらを使って TFBS を探すと，べらぼうな数が Hit してきて途方に暮れてしまうことがあります．配列だけで TF が結合するか否かが決定されるわけではないというのが，理由だと思いますけどね．著者らは 21 と 22番染色体上の TFBS (cMyc, Sp1, p53) 全てを実験から得ています．どのくらい TFBS があるのかって質問に対する答えは Fig 4 に凝縮されています．答えは「たくさん」．全ゲノムに外挿するｔ，cMyc は 12000, Sp1 は 25000, p53 は 1600 個 TFBS があると見積もっている．

でもこの論文の面白さは，そんな答えにあるのではない．例えば，intergenic or 3' 側に TFBS がたくさん見つかったりしている．また，anti-sense (non-coding) transcripts の 5' 側に TFBS が見つかったりしていて，中々興味深い結果が得られている．その意味では，この論文の白眉は Fig 2，特に C,D だと感じた．