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Novel RNAs identified from an in-depth analysis of the transcriptome of human chromosomes 21 and 22
Genome Res 2004 Mar;14(3):331-42
Transcriptome Project とか，Affymetrix Experimentally Derived Transcriptome(UCSC Genome Browser)とかを見ていて気づいた論文．つまりは，Chr21, 22 全部を 35bp ずつずらしたプローブでカバーしたアレイで transcripts を探したら，今まで見つかっていなかった transcripts が一杯見つかったってお話．35 bp ずつ染色体をカバーしているので，Genome Browser で見ると，ポジションごとに発現量が変化しているように見えて楽しい．当然 authors は Affymetrix の方々だった．このアレイは Cell. 2004 Feb 20;116 でも使っている奴ですね．市販はしているのかな?今回みつけた transcripts の一部は RT-PCR で発現をきちんと確認している．でも，かなり発現は小さいようだ．新規の alternative splicing form も見付けたと主張しているけど，PCR での確認はしていない．あと，どっかに novel transcripts のうち，何割かは non-coding transcripts だって書いてあったような気がしたんだけど，忘れちゃった(笑)．