A new, structurally nonredundant, diverse data set of protein-protein interfaces and its implications
Protein Sci 2004 Apr;13(4):1043-55
10年くらい前は好きだった構造系のお話.タンパク同士の接触面の分類を行ったというお話.全部で 103種類の接触パターン(というか構造)に分類を行っている.さらに以下の 3種類に分類している

  1. 接触しているペアは全て同じ構造クラス
  2. 接触しているペアの一方は同じだけど,もう一方は色んな構造クラス
  3. 接触しているペアの構造クラスはばらばら

後者 2つが面白い.つまり,接触部分の構造パターンは同じだが,フォールディングが異なるタンパクがあるということだ.これらに関して軽く考察がしてあった

このデータを使って,potentially interacting proteins を洗い出すことは出来るのであろうか? 今夜はお出かけなので,アチラで聞いてみよう.