■

Extracting human protein interactions from MEDLINE using a full-sentence parser
Bioinformatics 2004 20(5):604-611
MEDLINE abstract からの情報抽出 by MedScanな話．構文解析を真面目にやった後に(自作)オントロジーに解析結果を載せている．オントロジーに載らない文章はタンパク相互作用ではないとして，除外するということをやっている．こういうやり方なら，精度は高くなるだろう事は予想できる．ただし，微妙に controversial な考察がつけられていた．

なんと言っても，1988 年からの over 300万文献から，1次スクリーニング(笑)で 120万の文章を取り出してきて，2976の相互作用を取り出し，カバー率を21%としている点だろう．MEDLINE abstract には全部で 15000 しか相互作用が書かれていないのだろうか? 自分の解析だと，少なくとも 3万はありそうなのだが……．