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論文

Quantifying the relationship between co-expression, co-regulation and gene function
BMC Bioinformatics 2004, 5:18
発現量が相関している遺伝子は共通の Transcription Factor Binding Motif/site を上流に持つか? ってのを調べたお話．Yeast をネタにして，TFBM のデータは Science. 2002 Oct 25;298(5594):799-804より持ってきている． 結論は

  • over 600の実験で相関が 0.84 以上の遺伝子ペアは 50% の割合で共通のTFBS を持つ
  • けど，その 50% の内訳は全 TFBS の内 3.2% だけ
  • GO のアノテーション(Molecular Function)が一致しているペアの 43% が共通の TFBS を持っている．

ってことになっている．

600点以上のデータでの相関が 0.84 ってのはかなり強烈な相関だと思う．20点の場合は，0.94 以上ないとダメだった(Fig 3)．やはり，発現相関だけで制御配列を探そうってのは無理だと，再確認した.